Tiene como finalidad, el contribuir al desarrollo de la vida democrática en el Estado; fomentar el ejercicio de los derechos político electorales de la ciudadanía; fortalecer el régimen de partidos políticos; y vigilar el cumplimiento de sus obligaciones.
Además garantizar la celebración periódica y pacífica de las elecciones para renovar a los integrantes de los Poderes Legislativo y Ejecutivo, así como los Ayuntamientos del Estado que se rigen por partidos políticos. Velar por la autenticidad y efectividad del sufragio, y llevar a cabo la promoción del voto, coadyuvar a la difusión de la educación cívica y la cultura democrática y garantizar la participación de las mujeres.
Asimismo, reconocer, respetar y garantizar los sistemas normativos indígenas de los municipios y comunidades indígenas y afromexicanas, en lo referente a su libre determinación expresada en su autonomía para decidir sus formas internas de convivencia, organización política y elección de autoridades o representantes; asegurando la participación de las mujeres en condiciones de igualdad con los hombres en los términos en la Constitución Federal, los Instrumentos jurídicos Internacionales suscritos por el Estado Mexicano;
El Instituto Estatal Electoral y de Participación Ciudadana de Oaxaca, se rige bajo los principios de certeza, legalidad, independencia, imparcialidad, interculturalidad, máxima publicidad y objetividad.
Está integrado por un Consejero o Consejera Presidente, Seis Consejeros y Consejeras Electorales; un Secretario o Secretaria Ejecutivo y los y las representantes de cada uno de los Partidos Políticos Nacionales con registro y de los Partidos Políticos Locales.
A partir de la reforma político electoral aprobada en el año 2014, la integración del Consejo General del IEEPCO cambió.
Ahora los Consejeros y Consejeras Electorales que integran dicho órgano son electos por el Consejo General del Instituto Nacional Electoral (INE), esto con la finalidad de contar con institutos más profesionales y autónomos.