Fue hasta el 30 de enero de 1992, cuando el gobernador Heladio Ramírez López, presentó ante el Congreso local, la propuesta de crear el Código de Instituciones y Procedimientos Electorales para Oaxaca (CIPEOAX).
El 13 de febrero del mismo año el Congreso aprobó dicha propuesta con las modificaciones necesarias bajo el nombre de Código de Instituciones Políticas y Procedimientos Electorales de Oaxaca (CIPPEO). Lo que dio pie para la constitución del órgano electoral, cuya función primordial fue la preparación, desarrollo y vigilancia de los procesos para elegir gobernador o gobernadora, diputados y diputadas locales y autoridades municipales.
El 22 de febrero de 1992, nació el Instituto Estatal Electoral (IEE), con la instalación del Consejo General Electoral, como órgano independiente y por primera vez en la historia electoral del país, se admitieron los Usos y Costumbres en la elección de autoridades municipales, que quedaron asentados en los artículos 110 y 11 del CIPPEO.
Con la entrada en vigor del CIPPEO, se modificaron diversos apartados para equilibrar los derechos y obligaciones de los partidos políticos. Dentro de las modificaciones que se implementaban por vez primera en fue el que el Congreso eligiera al Consejero Presidente del IEE, siempre y cuando éste no hubiera sido electo para cargos públicos o tuviese alguna afiliación partidista en los últimos cinco años.
Una vez aprobada la reforma, se admitieron --en la primera ronda-- a 150 municipios con el sistema de Partidos Políticos y 390 bajo el sistema de Usos y Costumbres, quedando pendientes 30 localidades, los cuales, luego de constantes diálogos acordaron quedar definidos de la siguiente forma, 152 poblaciones por el sistema de Partidos Políticos y 418 por Usos y Costumbres; sin embargo para el Proceso Electoral Ordinario 2012-2013, el municipio de San Andrés Cabecera Nueva, llevó a cabo una consulta en su comunidad para cambiar al regimen de partidos políticos.
Actualmente el Estado cuenta con 153 municipios por el sistema de Partidos Políticos y 417 por su Sistema Normativo Interno (antes Usos y Costumbres). Así también se limitó el número de miembros de un Partido Político en el Congreso local. Es decir, ningún Partido Político podrá tener por si solo dos terceras partes de los integrantes de la Cámara de Diputados, limitándose únicamente a un 60 por ciento.
En 2017, el Congreso Local del Estado abrogó el Código de Instituciones y Procedimientos Electorales y decretó la creación de la Ley de Instituciones y Procedimientos Electorales del Estado de Oaxaca publicada en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Oaxaca el 3 de junio de 2017, con ello el estado homologó la legislación nacional con la estatal y se brindó mayor certeza en materia electoral.
